國家安全會議 （簡稱國安會）
直屬於總統，下轄國家安全局。
策劃政治、經濟、心理、軍事之國家戰略，及審議國防政策與國家總動員等事項。
財團法人海峽交流基金會 （簡稱海基會）
指導機關為行政院大陸委員會（陸委會），為半官方機構。
政府委託指定執行公權力的民間機構，擔任中介的角色。
於中國大陸的對口機構是海峽兩岸關係協會。
海峽兩岸關係協會 （簡稱海協會）
上級機關為中共中央臺灣工作辦公室、國務院臺灣事務辦公室。
處理海峽兩岸之間事務的機構。
於台灣的對口機構是財團法人海峽交流基金會。
大陸委員會 （簡稱陸委會）
處理海峽兩岸事務的專責行政機關，與中華人民共和國的國務院台灣事務辦公室對應。
香港及澳門各設有代表機構——大陸委員會香港辦事處、大陸委員會澳門辦事處。
附屬組織：中華發展基金、海峽交流基金會
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